Hoje estava efetuando o build de um projeto no Netbeans 6.1 quando verifiquei que ele não estava gerando a pasta lib .

Para descobri o problema coloquei o ant em modo verboso:
Tools->Options->Miscelanous/Ant e alterei Verbosity Level=Verbose

Logo o problema foi exposto:
Skipped because property 'manifest.available+main.class' not set

Então ficou fácil.

Alterei o project.properties e adicionei a linha:
manifest.file=manifest.mf

Copiei o arquivo manifest.mf para o diretorio do projeto:
cp ../JavaApplicationSample/manifest.mf ./

Antes disso ,procurei na internet(google) uma solução não encontrei(por isso o post). Espero ter sido útil para alguém.